Новый период в истории этой энциклопедии начался с переходом главной редакции к К.К. Арсеньеву (видному представителю либеральной профессуры, впоследствии академику) и Ф.Ф. Петрушевскому (профессору Петербургского университета по кафедре физики). Во главе основных разделов становятся такие выдающиеся деятели отечественной науки, как Д.И. Менделеев (химия), А.Н. Бекетов (биология), А.И. Воейков (география), В.Т. Собичевский (сельское хозяйство), С.А. Венгеров (литература), А.И. Сомов (изобразительное искусство), В.С. Соловьёв (философия) и др. Новая редакция (со второй половины 9-го полутома) преимущественное внимание уделяет «самостоятельным статьям… по всем предметам, относящимся к России». Особенно большое место занимают статьи по географии России, её истории, науке, культуре, о народных обычаях и т.д. К сотрудничеству в энциклопедии были привлечены видные учёные в области русской исторической науки, политической экономии, литературоведения, естествознания, техники, сельского хозяйства, медицины. Если в первых томах преобладали статьи переведённые, то теперь «заимствования и переводы занимают ничтожное место».